Kostrikis表示Deltacron結(jié)合了Delta和Omicron的基因,可能來自同時(shí)感染Delta和Omicron的患者。該項(xiàng)研究的25個(gè)突變樣本采集自塞浦路斯,其中11個(gè)樣本采集自住院新冠患者,14個(gè)樣本采集自普通感染人群。相較而言,住院患者樣本的突變頻率更高,這可能意味著 Deltacron 與住院治療之間存在相關(guān)性,因此,Deltacron的致病性和傳染性需要引起重視。此外,針對(duì)Deltacron的研究數(shù)據(jù)已于1月7號(hào)提交給GISAID全球數(shù)據(jù)庫。

新冠病毒重組變異體的出現(xiàn),引起了廣泛關(guān)注,一些專家針對(duì)該變異體的真?zhèn)握归_了討論。蒙特利爾麥吉爾大學(xué)健康中心研究所的遺傳學(xué)家 FatimaTokhmafshan在推特上表示病毒并不是重組的而是實(shí)驗(yàn)室污染所致,通過查看塞浦路斯最近提交的GISAID聚類和突變譜并沒有發(fā)現(xiàn)突變共識(shí);世衛(wèi)組織 Covid專家Krutika Kuppalli 博士對(duì)此表示贊同,她在推特上表示在Delta 樣本中檢測(cè)到的Omicron組分,可能是因?yàn)闃颖驹趯?shí)驗(yàn)室受到污染導(dǎo)致的測(cè)序偽影所致,而非出現(xiàn)新的重組病毒;與此同時(shí),倫敦帝國(guó)理工學(xué)院的病毒學(xué)家Tom Peacock博士也在推特上表示媒體報(bào)道的Deltacron序列明顯是樣品受到污染導(dǎo)致的。別的專家也看過Deltacron的序列信息,我們得出了一致結(jié)論:Deltacron看起來不像是真正的病毒重組,而更像是樣本污染的結(jié)果;另一位科學(xué)家-亞特蘭大埃默里大學(xué)傳染病專家Boghuma Kabisen Titanji博士持謹(jǐn)慎態(tài)度,并在周日發(fā)推文表示關(guān)于Deltacron 的結(jié)論,仍需持謹(jǐn)慎態(tài)度,而目前可用的信息均指向樣本的污染,而不是delta和omicron 的真正重組。
在此之前,針對(duì)新冠病毒的基因重組,已有報(bào)道。2021年10月11號(hào)發(fā)表于Medrxiv,名為“Genome Recombinationbetween Delta and Alpha Variants of Severe Acute Respiratory SyndromeCoronavirus 2 (SARS-CoV-2)”的文章報(bào)道了在日本發(fā)現(xiàn)的Delta和Alpha的重組變異體(AY.29+B.1.1.7)。通過Nexstrain對(duì)這一發(fā)現(xiàn)的數(shù)據(jù)進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化樹分析證實(shí)了該重組病毒序列可在同一個(gè)簇中找到。然而通過對(duì)Deltacron的數(shù)據(jù)進(jìn)行同樣的分析時(shí)發(fā)現(xiàn)其幾乎分布在每個(gè)分支,并沒有日本發(fā)現(xiàn)的重組病毒的簇狀分布特征。
除此之外,在其他Delta分支中具有 Omicron 的完整ARTIC引物測(cè)序擴(kuò)增子,這是ARTIC引物方案中擴(kuò)增子72的失敗導(dǎo)致的,因?yàn)檫@些序列中的所有 Omicron突變(即A67V、H69_V70del、T95I、G142D、V143_Y145del)都在該擴(kuò)增子中,然而來自其他樣品的低水平污染物填補(bǔ)了空白,因此重組擴(kuò)增子的可能性約為0。




針對(duì)專家們的質(zhì)疑,Kostrikis在1月9號(hào)聲明Deltacron的出現(xiàn)并不是單一重組事件,而是新冠病毒因適應(yīng)環(huán)境而進(jìn)化的突變,采集到的樣本不僅在塞浦路斯的實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行了檢測(cè),也在其他國(guó)家的實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行了檢測(cè),并且以色列的實(shí)驗(yàn)室也檢測(cè)出了Deltacron的重組特征。住院患者的Deltacron感染率明顯高于非住院患者,這也側(cè)面排除了樣品污染假設(shè)。與此同時(shí),他的團(tuán)隊(duì)除了最初的25份Deltacron樣本之外,又發(fā)現(xiàn)了52例重組樣本。
針對(duì)于此,Tom Peacock表示Omicron的流行時(shí)間無法讓其產(chǎn)生任何重組體,系統(tǒng)進(jìn)化樹也表明Deltacron沒有聚集特征,而真正的重組變異會(huì)有共同的簇。Tokhmafshan 指出如果原始樣品在采集處理時(shí)就已經(jīng)被污染,即使把它送到其他10個(gè)實(shí)驗(yàn)室,那是同一個(gè)樣品,他們會(huì)得到相同的結(jié)果。如果以色列的實(shí)驗(yàn)室給出了同樣的檢測(cè)結(jié)果,那么以色列的樣品是否在其他地區(qū)獨(dú)立采集的,并且得到了與塞浦路斯同樣的結(jié)果?截至本次發(fā)稿,Kostrikis并未做任何回復(fù)。
Deltacron的真?zhèn)稳孕璩掷m(xù)觀察,客觀來說,全球持續(xù)傳播的delta和omicron仍存在重組的可能性,復(fù)制其基因的酶存在一種傾向即從它復(fù)制的RNA鏈上滑落,然后在落點(diǎn)處重新連接。當(dāng)同時(shí)感染delta和omicron時(shí),這種重組的概率將大大增加。