載脂蛋白C(Apo CⅡ）是CM、VLDL和HDL的結構蛋白之一，分別占其蛋白成份的14%、7%～10%及1%～3%。Apo CⅡ在血漿中的濃度為0.03-0.05g/L。載脂蛋白C-Ⅱ（apoCⅡ）可促進LPL催化乳糜微粒（CM）及極低密度脂蛋白（VLDL）中的甘油三酯（TG）水解為甘油和脂肪酸。它是冠心病的保護因子。

載脂蛋白C-Ⅱ參與脂蛋白代謝的調節，尤其在調節血漿富含TG脂蛋白的分解代謝中起重要作用。高濃度的載脂蛋白C-Ⅱ將抑制富含TG脂蛋白的水解，或影響肝臟受體對富含TG脂蛋白的攝取，引起血漿TG水平升高，導致高TG血癥的形成。載脂蛋白C-Ⅱ還可抑制卵磷脂膽固醇酰基轉移酶的活性