嗜熱菌蛋白酶，一種含有四個鈣離子的熱穩定性（嗜熱性）細胞外金屬內肽酶。輔助因子是鋅和鈣。水解疏水性氨基酸殘基N-末端的蛋白質鍵。理想pH為8.0，活性的適合溫度為70℃。在pH 5-9.5范圍內穩定。嗜熱菌蛋白酶具有較低的切割特異性，因此，它能產生許多適合測序的短片段。優先切割順序： X-切割-Y-Z，其中X = 任意氨基酸；Y = Leu，Phe，Ile，Val，Met，Ala；Z是除Pro以外的氨基酸。切割Leu的N末端優先于切割Phe的N末端，它們優于其他氨基酸。常用于限制性蛋白水解以繪制肽圖譜以及蛋白質結構和構象變化研究。